Područje današnjeg Brodskog Stupnika kao i čitave Brodsko Posavske Županije bilo je naseljeno od najranijih prapovijesnih vremena, od Panonaca, Kelta, pa preko Rimljana do dolaska Hrvata na ove prostore u 7. stoljeću, što pokazuju brojni arheološki lokaliteti.
Najstariji arheološki dokaz za postojanje stanovništva na području samog Stupnika pružaju ostaci utvrđenog naselja Gradište u Mrsunjskom lugu, južno od mjesta, koje danas djelomično prekriva trasa autuputa, te još jedna takva utvrda smještena 2,5 kilometra zapadnije. Obje utvrde datiraju iz razdoblja od 10. do 18. stoljeća.
Naziv Stupnik prvi put se spominje u srednjovjekovnim ispravama iz 1358. godine kao Stupnok, 1381. Ztupnuk, 1451. Zthupnok, 1483. Zthwpnok, 1698. Ztupnik a 1730. Sztupnik kad je imao 30 kuća i drvenu kapelu Sv.Ilije sa slikom zaštitnika i grobljem. Bio je smješten ispod brda Kasonje. Njegovi vlasnici 1351. godine su bili Giletići gospodari Kobaša (mađarski Gilefy, Geletfy). Tada su u posjedu Stupnika bila i dva manja mjesta Drakčevci i Mezarac. Oba su kasnije nestala za najezde Turaka.
Stupnik se spominje u dokumentu na latinskom jeziku iz 1396. godine (sa dodacima iz 1290. i 1381.) u kojem Kraljevski sudac Ivan de Paztoh u parnici protiv Ivana Gyeletya i Ivana Emerikova od Stupnika dosuđuje posjed Završje Ladislavu, sinu Stjepana. U dokumentu se Stupnik naziva Stupnok. Dokument je dio zbirke “Diplomatički zbornik Kraljevine Hrvatske, Dalmacije i Slavonije”.
Turci ovo područje zauzimaju 1536. godine kada veliki dio stanovništva prelazi na islam. Za turskog vladanja Stupnik je pripadao župi u Drenovcu. Početkom rata za oslobođenje od Turaka 1653. godine došlo je do velikih promjena u sastavu stanovništva. Već 1657. godine ovo područje Slavonije napušta muslimansko stanovništvo, au proljeće 1691. i turska vojska. U prazna naselja počinju se naseljavati Hrvati iz Bosne i nešto Hrvata iz drugih krajeva Hrvatske. Starosjedilačko stanovništvo je živjelo organizirano u kućne zadruge. Prema popisu iz 1730. godine u Stupniku, Slatiniku, Lovčiću, Denovcu, Bučju, Zagrađu i Odvorcima bilo je 250 hrvatskih kuća, te nešto doselejnika iz Bosne i nekoliko porodica iz Hrvatske. U drugoj polovici 19. stoljeća počelo je i na ovom području veće doseljavanje i to uglavnom Ličana koji potiskuju ikavski govor i staru akcentuaciju Hrvata koji vremenom posve iščezava.
Nakon završetka rata s Turcima 1702. godine, radi zaštite granice, stvara se obrambeni pojas pod nazivom Vojna granica u čiji sastav ulazi i Stupnik. Pripadao je 8.-oj Gradiškoj pukovniji koja se dijelila na 16 satnija. Od godine 1764. u Stupniku je sjedište 2. satnije o čemu svjedoči do danas sačuvana i dobro očuvana zgrada kapetanije koja je izgrađena 1828. godine. Godine 1784. počinje izgradnja ceste Nova Gradiška – Slavonski Brod duž koje se 1766. godine spuštaju naselja raseljena po okolnim brdima: Oriovac, Stupnik, Slatinik i Trnjani. Stupnik se do 1766. godine nalazio pod župom u Bučju, a kada se te godine preselio k cesti potpao je pod oriovačku župu u čijem sastavu ostaje do 1933. kada postaje samostalna župa.
Stanovništvo je živjelo u kućnim zadrugama kojima je pripadala zemlja. Na ovom području, kao i drugdje u Vojnoj granici, pored vojne službe, bavilo se uglavnom poljoprivredom i to stočarstvom, a posebno svinjogojstvom zbog položaja naselja i obilja hrastove šume. Ratarstvom se značajnije počinje baviti tek od kraja
18. stoljeća ušoravanjem sela uz cestu. Muškarci ratujući za austrijsko carstvo diljem Europe, povratkom kući donosili su pozitivan utjecaj za gospodarski razvoj. Iako je Granica bila isključivo vojnička zemlja, nije mogla živjeti bez obrtnika i trgovaca, te vlast dozvoljava graničarima da se mogu baviti obrtom i trgovinom dok god njihov rad bude od koristi Granici i ne škodi njihovoj vojničkoj službi.
Ukinuće Vojne granice u drugoj polovici 19. stoljeća donijet će ubrzan raspad patrijarhalnog načina života u kućnim zadrugama i omogućiti povećanje naselja te brži gospodarski razvoj. Poslije 1900. godine postaje sve aktualnije nacionalno pitanje. Budi se nacionalna svijest i javlja se otpor naroda prema sve agresivnijoj mađarizaciji kroz političku djelatnost, pjevanje pjesama i nošenje stranačkih amblema. Narod se uglavnom priklonio Čistoj Stranci Prava dok su se činovnici priklonili frankovcima, zagovornicima službene vlasti. Pod utjecajem frankovaca dolazi u vremenu od 1910. do 1914. do pojave nacionalne mržnje koja kulminira I. svjetskim ratom. Dugotrajno ratovanje izazvalo je teške posljedice na život stanovništva. Izbivanje muškaraca iz domova dovodi do zapuštanja posjeda i do nestašice hrane, a još više industrijskih proizvoda pa su mještani morali putovati pored Broda u Vinkovce i Osijek, pa čak i u Vukovar po pojedine proizvode. Takvo stanje i
primamljive priče povratnika s ruskog fronta o revoluciji u Rusiji i dijeljenju zemlje veleposjednika seljacima izazvale su među siromašnijim seljacima nadu da će se nakon rata i u našim krajevima nešto takvo dogoditi. Međutim, ni političke ni gospodarske promjene, u novoj državi, nisu donijele znatnije poboljšanje položaja Hrvata.
Od spomenika kulture, osim zgrade kapetanije, možemo izdvojiti i staru zgradu osnovne škole a u Stupničkom brdu je vila Štrba građena oko 1930. s elementima romantizma i mađarske secesije i kuća-ljetnjikovac Grašić, ladanjskog tipa gradnje.
Stanovništvo se danas tradicionalno bavi ratarstvom, stočarstvom, povrtlarstvom i osobito vinogradarstvom po čemu je Stupnik nadaleko i poznat. Podno vinorodnih obronaka Stupničkog brda obitelj Zdjelarević sagradila je modernu vinariju i hotel, a tu su još i vinarije Vinković i Jurković. Od drugih gospodarskih subjekata moguće je izdvojiti Poslovni centar Hrvojević, Ribnjake Brodski Stupnik, HMD Vage, motel Ribarska kuća, mlin i pekarnicu Janković, Plastiku-M, Tias d.o.o., servis M&M. Na usluzi mještanima je 31 obrtnik raznih zanimanja, najviše u trgovini i ugostiteljstvu, ali i proizvodnih obrta (plastika, guma i metal), graditeljstva, prijevoza, pružanje intelektualnih usluga, frizer, kozmetičar i dr.
U Domovinskom ratu stradalo je devet mladića iz Brodskog Stupnika. Njima je na mjesnom groblju uređeno spomen-obilježje.